ふるさと納税をした方でワンストップ特例制度を利用していない場合は確定申告をして寄付金控除をすることにより当該制度の恩恵を受けられます。寄付金控除をしなければふるさと納税分を取り戻すことができませんので注意してください。寄付金控除により限度額以内のふるさと納税額の一定額が所得税の減額になり、所得税の確定申告をすることにより住民税の寄付金控除が適用になり住民税の一定額が減額になります。この所得税と住民税の減額分の合計額がふるさと納税額（限度内）と一致することにより、ふるさと納税をした方のふるさと納税額を含めた総納税額は、しなかった方の総納税額と変わらない仕組みになっています（ただし、ふるさと納税の場合は限度以内でも２０００円の自己負担あり）。　ふるさと納税を収入した市区町村から受領する謝礼品の時価相当額が一時所得計算上の収入になります。一時所得の年間控除額は５０万円です。１年間に受け取る謝礼品の時価相当額の合計が５０万円を越えた場合は越えた金額の二分の一が一時所得として総合課税されます。